Questions – réponses à Nathalie Habibou

1. Avec la facturation électronique, la facture change de nature : un flux normé, structuré et vérifiable, qui concerne toutes les entreprises assujetties. En quoi cette réforme renforce-t-elle le contrôle fiscal ?

Le mot « renforcé » mérite d’être précisé. La réforme n’augmente pas, par elle-même, la fréquence des contrôles fiscaux : elle en transforme profondément la matière première.

Jusqu’ici, l’administration fiscale contrôlait principalement, a posteriori, une déclaration de TVA, une comptabilité, un FEC et les pièces justificatives produites par l’entreprise. Avec la réforme, une partie de l’information fiscale lui parvient directement sous forme structurée : les données issues des factures électroniques sont transmises par les plateformes agréées à l’administration ; pour les opérations hors du champ de l’e-invoicing (notamment certaines opérations B2C ou avec des opérateurs établis à l’étranger) des données de transaction et, le cas échéant, de paiement remontent au titre de l’e-reporting. Le cycle de vie de la facture est en outre documenté par des statuts : dépôt, rejet, refus, encaissement notamment ; le statut de dépôt est horodaté (CGI, art. 289 bis, 289 E et 290 ; ann. II au CGI, art. 242 nonies E).

À compter du 1er septembre 2026, cette logique doit également se lire à la lumière du CIBS : l’obligation de facturation est notamment reprise aux articles L. 216-38 et suivants, les données devant figurer sur la facture étant organisées par l’article L. 216-41, tandis que l’article L. 216-44 renvoie au pouvoir réglementaire la détermination des formats d’émission, de transmission et de réception.

Le véritable basculement est donc celui du rapprochement. La déclaration de TVA ne pourra plus seulement être confrontée à ce que l’entreprise produit lors du contrôle : elle pourra être rapprochée de données de facturation, de transaction et d’encaissement déjà reçues par l’administration. C’est ce qui rend possible une détection beaucoup plus précoce des incohérences : décalages de période, divergences de bases, anomalies de taux, asymétries entre vendeur et acheteur, factures manquantes ou chaînes transactionnelles atypiques. Le pré-remplissage futur des déclarations de TVA constitue d’ailleurs l’un des objectifs officiellement assignés à la réforme.

C’est ce que j’appelle l’e-contrôle : non pas nécessairement davantage de contrôles, mais un contrôle potentiellement plus continu, plus ciblé et davantage préparé en amont.

Il faut toutefois conserver une distinction fondamentale : la circulation d’une facture n’est pas la preuve irréfragable de la réalité de l’opération. La plateforme contrôle le flux, certains champs et certaines cohérences ; elle apporte une traçabilité technique. Elle ne démontre pas, à elle seule, que les marchandises ont été réellement livrées, que la prestation a été effectivement exécutée ou que les conditions matérielles d’un régime de TVA sont réunies.

Cette distinction est déjà au cœur de la doctrine administrative sur la piste d’audit fiable : la valeur probante de la facture suppose précisément de pouvoir établir un lien entre la facture et la livraison de biens ou la prestation de services qui en constitue le fondement. Le BOFiP rappelle que la piste d’audit doit permettre de vérifier la substance de la facture et de reconstituer le processus depuis l’opération jusqu’à la facture.

Autrement dit, la réforme renforce considérablement la preuve du flux ; elle ne transforme pas le flux en preuve absolue de la substance.

2.  Seules des plateformes agréées peuvent émettre et recevoir les factures. Comment choisir une plateforme qui soit un partenaire, et pas seulement un prestataire ?

Le modèle français repose désormais sur des plateformes agréées par l’État, qui constituent l’intermédiaire nécessaire pour l’émission, la transmission et la réception des factures entrant dans le dispositif. L’État a recentré le portail public sur l’annuaire et la collecte des données plutôt que sur la fourniture d’un service public complet de facturation.

Ce choix n’est donc pas simplement informatique. Il engage la sécurité juridique, fiscale et probatoire de l’entreprise.

La ligne de partage tient, selon moi, en une idée : on peut externaliser la transmission ; on ne doit jamais externaliser la maîtrise de sa preuve.

La plateforme est soumise à des obligations réglementaires précises. Elle doit notamment permettre l’émission et la transmission dans des conditions garantissant l’authenticité de l’origine, l’intégrité du contenu et la lisibilité ; effectuer les contrôles prévus par les textes ; identifier le destinataire à partir de l’annuaire ; assurer la transmission ; recevoir les factures ; gérer les statuts de traitement ; et transmettre les données requises à l’administration. L’article 242 nonies E de l’annexe II au CGI est, sur ce point, devenu un texte essentiel de la réforme.

Mais cela ne signifie pas que l’entreprise puisse abandonner sa propre chaîne de justification. La doctrine administrative demeure très claire sur la nécessité de relier la facture à l’opération réelle. La facture, aussi parfaitement transportée soit-elle, ne dispense ni de la documentation contractuelle, ni de la preuve de la livraison ou de la prestation, ni de la justification du traitement TVA retenu.

Pour choisir une plateforme, l’entreprise devrait a minima regarder quatre sujets.

La réversibilité, d’abord. Il faut pouvoir récupérer non seulement les factures, mais les données structurées originales, les accusés, les statuts, les historiques de transmission et les éléments permettant de reconstruire le cycle de vie. Le législateur lui-même a consacré la question de la mobilité : l’article 289 bis, III du CGI prévoit que les modalités de changement de plateforme doivent organiser des services minimaux fournis par l’ancienne plateforme pendant une durée qui ne peut être inférieure à un an.

La conservation, ensuite. Ici, il faut être précis. Les pièces comptables et justificatives sont conservées pendant dix ans en application de l’article L. 123-22 du code de commerce. Sur le terrain fiscal, l’article L. 102 B du LPF prévoit encore un délai de six ans en 2026 ; à compter du 1er janvier 2027, ce délai est porté à dix ans pour les documents concernés par les nouvelles dispositions, avec les règles transitoires prévues par la loi et l’ordonnance de juillet 2026. Les documents établis ou reçus sous forme informatique doivent, par ailleurs, être conservés sous cette forme.

Le contrat avec la plateforme doit donc régler explicitement l’accès aux archives, leur restitution, la conservation du format d’origine et le sort des données en cas de changement d’opérateur, de résiliation ou de disparition de celui-ci. Le fait qu’un tiers conserve techniquement une facture ne suffit pas à déléguer juridiquement l’obligation de pouvoir la produire.

Le traitement des anomalies constitue le troisième critère. Un rejet doit être identifiable, motivé, daté et rapproché de sa correction. Une facture corrigée ou réémise doit pouvoir être reliée à l’événement qui l’a précédée. Rien ne doit disparaître dans une « boîte noire » informatique.

Enfin, la capacité d’explication est déterminante. Une bonne plateforme ne doit pas seulement faire circuler des données : elle doit permettre à l’entreprise de comprendre ce qui a été envoyé, pourquoi un flux a été rejeté, quelle information a été transmise à l’administration et comment reconstituer la chronologie en cas de contrôle.

Le prestataire transmet. Un bon partenaire vous met en situation de démontrer.

3.  La plateforme peut rejeter une facture. Quelles conséquences pour celui ou celle qui l’a émise ?

Il faut d’abord distinguer trois situations que le vocabulaire du cycle de vie risque de faire confondre : le rejet technique par une plateforme, le refus par le destinataire et l’absence de réalité de l’opération.

Ce ne sont juridiquement pas les mêmes événements.

Le statut « rejetée » signifie que la plateforme n’accepte pas la facture, par exemple en raison d’un format non conforme ou d’une incohérence de données. Le statut « refus » traduit au contraire une décision du destinataire : erreur de destinataire, contestation de la facture, etc.

Un rejet technique signifie donc d’abord que la facture n’a pas correctement franchi le circuit réglementaire. Il faut identifier la cause, corriger puis réémettre sans délai.

Mais ce rejet ne fait pas disparaître l’opération économique sous-jacente. Il ne modifie pas, à lui seul, les règles de fait générateur et d’exigibilité de la TVA. Le CIBS rappelle ainsi que le fait générateur intervient lorsque l’opération est effectuée ; pour les prestations de services, par exemple, la TVA demeure en principe exigible lors de l’encaissement, sauf option ou régime particulier. Le statut informatique de la facture n’est donc pas un nouveau fait générateur de TVA (CIBS, art. L. 212-2 et, notamment pour les services, L. 214-6, à compter du 1er janvier 2027).

Pour l’émetteur, c’est essentiel : si la TVA est devenue exigible selon les règles de droit commun, un rejet informatique ne permet pas de différer artificiellement la TVA collectée.

Du côté de l’acheteur, il faut être tout aussi précis. Le droit à déduction est d’abord un droit substantiel lié à l’opération : le CIBS rattache le droit à déduction à la taxe supportée sur une opération d’amont affectée à des opérations ouvrant droit à déduction, et son fait générateur intervient lorsque la taxe d’amont devient exigible (CIBS, art. L. 211-99 et L. 212-3).

Mais l’exercice de ce droit reste soumis à des conditions formelles. Le BOFiP rappelle que la TVA ne peut, en principe, être déduite que si elle figure sur une facture et que l’acquéreur doit être en possession de cette facture au moment où il exerce la déduction. Un rejet empêchant la mise à disposition régulière de la facture est donc susceptible de décaler l’exercice de la déduction jusqu’à réception de la facture correctement établie.

À l’inverse, il serait excessif d’affirmer que toute anomalie formelle fait perdre le droit. L’administration précise expressément que la seule omission ou inexactitude d’une mention obligatoire ne conduit pas nécessairement à remettre en cause la facture lorsque la réalité de l’opération est justifiée et que les autres conditions du droit à déduction sont satisfaites. Elle rappelle également que l’existence d’une facture ne crée pas, à elle seule, un droit à déduction lorsque la taxe n’était pas légalement due.

La distinction est fondamentale : la facture est indispensable à l’exercice du droit, mais elle ne suffit ni à créer artificiellement ce droit ni, à l’inverse, à faire disparaître automatiquement une opération réelle en raison d’un simple défaut formel.

Quant aux sanctions, elles sont désormais substantielles.

Le non-respect de l’obligation d’émettre une facture sous forme électronique conformément à l’article 289 bis du CGI est sanctionné, depuis la loi de finances pour 2026, par une amende de 50 € par facture, plafonnée à 15 000 € par année civile. Mais attention : un rejet technique ponctuel ne signifie pas mécaniquement qu’une amende de 50 € est due. Le texte sanctionne le manquement à l’obligation d’émission électronique ; il faut donc apprécier la situation après correction, réémission et régularisation (CGI, art. 1737, III).

Le législateur a en outre prévu une véritable soupape : l’amende n’est pas applicable en cas de première infraction commise au cours de l’année civile en cours et des trois années précédentes, lorsque celle-ci a été réparée spontanément ou dans les trente jours suivant une première demande de l’administration (CGI, art. 1737, V).

Il existe parallèlement un régime distinct pour les omissions ou inexactitudes figurant sur les factures : 15 € par omission ou inexactitude, dans la limite du quart du montant qui figure ou aurait dû figurer sur la facture (CGI, art. 1737, II). Ces sanctions ne doivent donc pas être confondues avec celle propre au défaut d’émission électronique.

Enfin, depuis la loi de finances pour 2026, l’entreprise qui ne respecte pas son obligation de recourir à une plateforme agréée pour recevoir ses factures peut faire l’objet d’une mise en demeure de régulariser dans les trois mois. La persistance du manquement entraîne une première amende de 500 €, puis de 1 000 €, renouvelable par périodes de trois mois après mise en demeure infructueuse (CGI, art. 1737, IV bis).

Le risque du rejet n’est donc pas uniquement fiscal. Il est aussi opérationnel et financier : une facture qui ne parvient pas au client peut ne pas entrer dans son workflow d’approbation et retarder le paiement bien avant qu’un débat fiscal ne naisse.

4.  Peut-on considérer qu’il y a des trous, des malfaçons, des failles dans le système ?

Je parlerais moins de « failles » que de zones de tension. Le dispositif est juridiquement et techniquement très construit. Mais il déplace suffisamment la circulation de l’information et le rapport à la preuve pour faire apparaître plusieurs questions nouvelles.

La première est celle d’une preuve à plusieurs vitesses.

La facturation électronique stricto sensu vise essentiellement les opérations B2B entrant dans le champ de l’article 289 bis entre assujettis établis en France. Les opérations avec les particuliers ou avec des opérateurs établis à l’étranger ne sont cependant pas laissées dans « l’ancien monde » : elles relèvent, lorsqu’elles entrent dans son champ, de l’e-reporting des données de transaction et éventuellement des données de paiement.

Il subsistera donc moins un monde « numérique » face à un monde « papier » que plusieurs densités de preuve et d’information : ici une facture structurée, transportée et assortie de statuts ; ailleurs un reporting de données sans circulation de la même facture dans le dispositif français. Pour une même entreprise, les rapprochements et les standards probatoires ne seront donc pas parfaitement homogènes.

La deuxième tension est celle de l’égalité informationnelle entre l’administration et le contribuable.

L’article L. 76 B du LPF impose à l’administration, lorsqu’elle fonde une rectification sur des renseignements ou documents obtenus de tiers, d’informer le contribuable de leur teneur et de leur origine et, sur demande, de lui communiquer les documents concernés.

Or le Conseil d’État a apporté une précision importante dans sa décision du 13 mars 2025, n° 490897. Il a jugé qu’un document établi par l’administration à partir d’une base européenne de TVA alimentée par les administrations des États membres et accessible de manière automatisée (en pratique, une base de type VIES) ne constitue pas un « document obtenu de tiers » au sens de l’article L. 76 B.

La portée de cette décision doit toutefois être maniée avec rigueur : elle ne tranche pas le régime juridique des données françaises issues de la facturation électronique et il serait prématuré de la transposer mécaniquement aux plateformes agréées. Elle révèle néanmoins une vraie question pour demain : à mesure que l’administration produit ses propres analyses à partir de données collectées ou agrégées automatiquement, où commence le renseignement « obtenu d’un tiers » et où commence le traitement interne de l’administration ?

C’est, à mes yeux, un sujet majeur. Donner accès au contribuable à dix mille lignes de données brutes n’est pas nécessairement lui permettre de comprendre le rapprochement, l’algorithme ou l’anomalie sur lesquels repose effectivement le redressement. La puissance informationnelle doit donc s’accompagner d’une réflexion équivalente sur l’explicabilité du contrôle et les droits de la défense.

Troisième tension : ViDA et le droit à déduction.

Le paquet européen VAT in the Digital Age (ViDA), adopté le 11 mars 2025, va plus loin dans l’intégration de la facture électronique au système de TVA. Les nouvelles obligations européennes de reporting numérique pour les opérations B2B transfrontalières doivent s’appliquer à compter du 1er juillet 2030, tandis que l’alignement de certains dispositifs nationaux préexistants sur le modèle européen pourra courir jusqu’au 1er janvier 2035.

Surtout, la directive (UE) 2025/516 ajoute à l’article 168 de la directive TVA une faculté particulièrement intéressante : pour les opérations soumises aux nouvelles obligations de reporting, un État membre pourra prévoir que le client ne peut déduire ou récupérer la TVA que s’il détient une facture électronique répondant aux exigences européennes. Cette modification relève du bloc de mesures applicable à compter du 1er juillet 2030.

C’est un déplacement conceptuel majeur : la détention de la facture électronique conforme peut alors se rapprocher d’une condition substantielle du droit à déduction, alors que la jurisprudence européenne s’est historiquement attachée à empêcher qu’un formalisme excessif fasse échec à un droit matériel lorsque ses conditions essentielles sont démontrées.

Ce n’est pas le choix que fait le droit français applicable au démarrage de la réforme en 2026 : comme on l’a vu, le BOFiP admet encore qu’une simple omission ou inexactitude formelle ne conduit pas nécessairement à la perte du droit lorsque l’opération est réelle et les autres conditions satisfaites.

Enfin, il existe un risque de conception commun à tous les systèmes de contrôle automatisés : qu’un outil conçu pour détecter une minorité de comportements frauduleux crée, pour la majorité conforme, une multiplication d’incidents, de faux positifs ou de sanctions attachées à des manquements purement techniques.

Le droit positif contient déjà certains garde-fous (plafonnement des amendes, mécanisme de première infraction, possibilités de correction) mais l’enjeu de demain sera la proportionnalité : distinguer l’erreur technique corrigée, la négligence répétée et la fraude organisée.

Rien de tout cela n’est irréparable. Mais la gouvernance devra être à la hauteur de la puissance de la donnée.

C’est ce que j’appelle un Trust 4.0 : une architecture dans laquelle la technologie améliore simultanément la capacité de contrôle de l’administration et la capacité du contribuable à comprendre, documenter, corriger et contester ce qui lui est opposé.

Car la véritable révolution de la facturation électronique n’est peut-être pas la disparition du papier. C’est la disparition progressive de la preuve improvisée.